Tem papel fundamental em processos bioquímicos e fisiológicos nas plantas. Uma das possíveis funções do manganês é o aprimoramento do sistema de defesa das plantas frente às doenças.
Aplicações deste nutriente impulsionam os níveis de fotossíntese e atividades metabólicas, aumentando a habilidade competitiva das plantas, aumentando sua tolerância às doenças. É indutor de mecanismos de proteção e consequente aumento da resistência das plantas.Aumenta a resistência das plantas às doenças, através do reforço na lignificação da parede celular, devido estar diretamente envolvido na produção de lignina e suberina.
Também regula os níveis de auxinas nos tecidos vegetais, ativando a fotossíntese, especialmente a fotossíntese II.
Deficiência – A deficiência leva a diminuição da fotossíntese e da produtividade, aparecendo manchas cloróticas entre as nervuras das folhas superiores, permanecendo as nervuras e uma parte do tecido ao redor delas com coloração verde, acentuando a deficiência, a clorose fica generalizada.